Im Jahr 1999 wurde die Vogelschutzwarte Neschwitz als Einrichtung des Trägervereins Sächsische Vogelschutzwarte Neschwitz e.V. am historischen Standort wiedereingerichtet. Ihr Sitz ist der „Herrenpavillon“ im Schloßpark von Neschwitz.

Seit 2011 gehört die Vogelschutzwarte als Teil des Fachbereiches 55, Naturschutz zur Staatlichen Betriebsgesellschaft für Umwelt und Landwirtschaft (BfUL). Ihre Kernaufgaben liegen vor allem in der Organisation, Betreuung und Bearbeitung des Vogelmonitorings im Freistaat Sachsen. Dazu arbeitet sie eng mit dem Sächsischen Landesamt für Umwelt, Landwirtschaft und Geologie sowie den ornithologischen und Naturschutzverbänden im Land zusammen.

In den Bereichen Öffentlichkeitsarbeit und Vogelschutz wird sie vom Förderverein Sächsische Vogelschutzwarte Neschwitz e.V. unterstützt, der als Rechtsnachfolger aus dem Trägerverein hervorgegangen ist. Die Geschäftsstelle des Fördervereins befindet sich im „Küchenpavillon“ im Schloßpark von Neschwitz.

Dem Förderverein gehören der Landkreis Bautzen, die Gemeinde Neschwitz, der Landesverein Sächsischer Heimatschutz e.V., der Verein Sächsischer Ornithologen e.V., der Naturschutzbund (NABU) – Landesverband Sachsen e.V. und mehrere Einzelpersonen an.

Herrenpavillon im Schloßpark von Neschwitz